Struktuur

Liit peab igal aastal vähemalt ühe korralise konverentsi Liidu vanematekogu poolt kindlaksmääratud ajal ja kohas. Konverentsist teavitab Liidu president Liidu liikmeid kirjalikult koos päevakorraga vähemalt üks kuu ette.

Konverentsi kompetentsi kuulub:
Liidu põhikirja vastuvõtmine ja selles muudatuste ning täienduste tegemine;
Liidu presidendi, asepresidendi, vanematekogu, revisjonikomisjoni ja ordineerimiskomisjoni valimine ja nende volituste lõpetamine;
vanematekogu poolt Liidu liikmekandidaadiks vastu võetud koguduste Liitu vastuvõtmine ja koguduste Liidust väljaarvamine;
Liidu eelarve ja majandusaasta aruande ning revisjonikomisjoni aruande ja ettepanekute kinnitamine;
Liidu tegevuse põhisuundade määratlemine;
Liidu õpetuslike põhimõtete käsitlemine;
teiste kristlike organisatsioonide liikmeks astumise või neist väljaastumise otsustamine;
Liidu likvideerimise otsustamine;
teised Liidu olulised küsimused konverentsi äranägemisel.

Liidu liikmed valivad konverentsile delegaadid järgmise arvestuse kohaselt:
kuni 25-liikmelised kogudused 1 delegaat;
26-50-liikmelised kogudused 2 delegaati;
51-100-liikmelised kogudused 3 delegaati;
üle saja liikmega kogudused valivad esimese saja liikme kohta 3 delegaati ja iga järgneva täis- või mittetäieliku saja koguduseliikme kohta 1 delegaadi.

Liidu vanematekogu liikmed on: 

Hiiumaa piirkond: Siim Kask
Saaremaa piirkond: Koit Voojärv
Lääne piirkond: Eedi Suurküla
Edela-Eesti piirkond: Eenok Palm
Harjumaa ja Kesk-Eesti piirkond: Matthew Edminster
Tallinna piirkond: Raido Oras
Oleviste kogudus: Siim Teekel, Veljo Kaptein
Virumaa piirkond: Eerek Preisfreund
Lõuna-Eesti piirkond: Margus Kask
Vene regioon: Pavel Vezikov
Vabalt valitud liikmed: Leho Paldre, Meego Remmel, Tõnu Lehtsaar, Erki Tamm, Peeter Tamm, Jonatan Lige
President Gunnar Kotiesen, asepresident Tarmo Lige

Vanematekogu:

• asutab ja kutsub ellu Liidu tööorganeid (v.a ordineerimiskomisjon) ja likvideerib neid; kinnitab nende põhikirjad või kodukorrad, määrab ametisse Liidu tööorganite juhid ja vabastab nad;
• jälgib ja suunab Liitu kuuluvate koguduste ja Liidu tööorganite elu ja tegevust (v.a ordineerimiskomisjon);
• abistab vastavalt võimalustele kogudusi nende vajadustes;
• teeb vajaduse korral kogudustele ettepanekuid vaimulike ametikandjate ametisse valimiseks ning suunab pastorid ordineerimiskomisjoni;
• teeb vajaduse korral Liitu kuuluvatele kogudustele ettepanekuid koguduste vaimulike ametikandjate tagandamiseks nende kõlvatu elu, Piibli õpetusest kõrvalekaldumise või töövõimetuse tõttu;
• valib Liidu presidendi ettepanekul peasekretäri ja teised juhatuse liikmed;
• jälgib konverentsi otsuste elluviimist juhatuse poolt ning teostab järelevalvet juhatuse tegevuse üle;
• annab Liidu juhatusele soovitusi Liidu finants-majandusliku ja muu Liidu juhatuse pädevusse kuuluva tegevuse korraldamiseks; annab suuniseid Liidu presidendi tööks.
• kooskõlastab Liidu juhatuse koostatud majandusaasta aruande ja eelarve konverentsile esitamiseks;
• annab Liidu juhatusele protokollilisest otsusest tuleneva kirjaliku nõusoleku Liidu igapäevase tegevuse raame ületavate tehingute tegemiseks (s.h ehitiste ja kinnisasjade koormamine ja võõrandamine);
• otsustab Liidu presidendi, asepresidendi, peasekretäri ja juhatuse liikmete tasustamise ja määrab palga;
• teeb vajaduse korral Liidu konverentsile ettepaneku Liidu presidendi, asepresidendi või vanematekogu liikme tagandamiseks ning kutsub tagasi juhatuse liikmed;
• kinnitab ja muudab Kõrgema Usuteadusliku Seminari ja teiste Liidu koolide põhikirjad, õppekavad ja põhikohaga õppejõud ning määrab koolide hoolekogu liikmed, rektori ja õppeprorektori ning
• täidab koolide põhikirjadest või õigusaktidest tulenevaid erakooli omaniku ülesandeid;
  kinnitab Liidu häälekandjate peatoimetajad;
• võtab kogudusi Liidu liikmekandidaadiks ja esitab nad kinnitamiseks konverentsile;
• annab soovitusi koguduste pastorite palga osas;
• kinnitab Liidu misjonärid, evangelistid ja kaplanid;
• kinnitab juhatuse ettepanekul esindajad kodumaistesse ja rahvusvahelistesse ühistöö organisatsioonidesse;
• jälgib aktuaalseid ilminguid ja nende mõju vaimulikule elule ja teeb vastavaid ettepanekuid.

Eesti EKB Koguduste liidu põhikirja § 49 järgi korraldab Liidu peasekretär liidu majandus-, haldus- ja personaliküsimusi.